Neuroimaging
V rámci naší skupiny se snažíme popsat změny, které probíhají během rozvoje tzv. získané epilepsie. Zaměřujeme se především na změny energetického metabolizmu a mozkové perfuze. Znalosti, které s kolegy získáváme, se snažíme převádět do klinické praxe. Zaměřujeme se na zlepšení diagnostiky epilepsie pomocí zobrazovacích metod, především magnetické rezonance. V úzké spolupráci s Klinikou zobrazovacích metod, Neurologickou klinikou, Klinikou dětské neurologie validujeme pro klinickou praxi hodnocení negausovské difuze (DKI), perfuze (DSC, pcASL) propustnosti hematoencefalické bariéry (DCE, DEBBIE ASL) a nově také elektrických vlastností tkáně (MR-EPT). Rozvíjíme metody postprocessingu a implementujeme moderní postupy včetně algoritmů umělé inteligence.

prof. MUDr. Jakub Otáhal, Ph.D.
Vedoucí týmu

doc. MUDr. Martin Kynčl, Ph.D.
Lékař

Ing. David Kala, Ph.D.
Postdoc

Ing. Jan Šanda, Ph.D.
Biomedicínský inženýr

Ing. Yeva Prysiazhniuk, Ph.D.
Postdoc

Mgr. Lukáš Michal
Ph.D. student

MUDr. Zuzana Holubová, Ph.D.
Lékař

Mgr. Jan Svoboda, Ph.D.
Postdoc
MUDr. Nora Profantová
Lékař
MUDr. Bruno Jurášek
Lékař, Ph.D. student

MUDr. Adam Kalina, Ph.D.
Lékař

MUDr. Martin Kudr, Ph.D.
Lékař

MUDr. Anežka Bělohlávková, Ph.D.
Postdoc, Lékař

prof. MUDr. Pavel Kršek, Ph.D.
Lékař

MUDr. Adéla Tefr Faridová
Ph.D. student

Ing. Jakub Šmíd
Ph.D. student
Timur Abragimovich

Mgr. Šárka Danačíková, Ph.D.
Postdoc
Cíle skupiny/řešené projekty
Získaná epilepsie
V rámci naší skupiny se snažíme popsat změny, které probíhají během rozvoje tzv. získané epilepsie. Zaměřuji se především na změny energetického metabolizmu a mozkové perfuzi. Znalosti, které s kolegy získáváme, se snažíme převádět do klinické praxe. Zaměřujeme se na zlepšení diagnostiky epilepsie pomocí zobrazovacích metod především magnetické rezonance. V úzké spolupráci s Klinikou zobrazovacích metod, Neurologickou klinikou, Klinikou dětské neurologie validujeme pro klinickou praxi hodnocení negausovské difuze (DKI), perfuze (DSC, pcASL) propustnosti hematoencefalické bariéry (DCE, DEBBIE ASL) a nově elektrických vlastností tkáně (MR-EPT). Rozvíjíme metody postprocessingu a implementujeme moderní postupy včetně algoritmů umělé inteligence.
V našich nejnovější publikacích se zabýváme například sledováním mikrostrukturálních změn mozkových neuronových traktů v průběhu epilepsie, nebo využitím pokročilého difuzního zobrazování pro zpřesnění nalezení epileptického ložiska při epileptochirurgických zákrocích.


Zobrazování elektrických vlastností tkáně
V rámci naší skupiny se zabýváme studiem elektrických vlastností mozkové tkáně, jako je například elektrická vodivost. Tyto vlastnosti souvisejí s fungováním buněk a mohou citlivě odrážet změny, které vznikají u pacientů s epilepsií, ale také například při cévní mozkové příhodě, nádorech nebo zánětlivých onemocněních mozku.
Naším cílem je vyvíjet a ověřovat nové zobrazovací metody, které umožní tyto vlastnosti měřit neinvazivně pomocí magnetické rezonance. Výzkum realizujeme ve spolupráci s Institutem klinické a experimentální medicíny (IKEM) a s Fakultou biomedicínského inženýrství ČVUT, kde se podílíme na vývoji nových měřicích technologií a jejich zavádění do praxe.
Získané poznatky chceme využít ke zlepšení diagnostiky a lepšímu porozumění tomu, jak se mozková tkáň mění během onemocnění, a tím přispět k přesnější léčbě pacientů.
Cévní mozková příhoda
Zaměřujeme se také na studium hemoragické transformace ischemické cévní mozkové příhody, která představuje zásadní komplikaci ovlivňující prognózu pacientů i bezpečnost reperfuzní léčby. Naším cílem je lépe porozumět mechanismům, které vedou k narušení cévní integrity a rozvoji krvácení v ischemicky poškozené mozkové tkáni.
Výzkum se soustředí především na změny hematoencefalické bariéry, mikrovaskulární dysfunkci a hemodynamické poměry v akutní fázi ischemie a po reperfuzi. Sledujeme vztah mezi tkáňovou vulnerabilitou, dynamikou mozkové perfuze a rizikem následné hemoragické transformace.
Získané poznatky se snažíme převádět do klinické praxe s důrazem na zlepšení stratifikace pacientů a bezpečnější indikaci reperfuzní terapie. Využíváme pokročilé zobrazovací metody, zejména magnetickou rezonanci, včetně perfuzních technik a přístupů umožňujících hodnocení permeability hematoencefalické bariéry.
Ve spolupráci s klinickými pracovišti validujeme pro klinické využití kvantitativní zobrazovací parametry, jako jsou ukazatele permeability, perfuze a rozsahu ischemického poškození. Současně rozvíjíme metody postprocessingu a implementujeme moderní analytické přístupy s cílem identifikovat časné prediktory hemoragické transformace.
Projekt tak propojuje experimentální a klinický výzkum a směřuje k vývoji nástrojů, které umožní individualizované hodnocení rizika a přispějí ke zlepšení péče o pacienty s cévní mozkovou příhodou.

Buněčný metabolismus a neuroprotekce
Využíváme in vitro neurální buněčné kultury zahrnující neurony a gliové buňky k hodnocení biologických účinků vybraných kandidátních molekul. Sledujeme jejich vliv na životaschopnost a morfologii buněk, oxidační stres, cytotoxicitu a neuroprotektivní potenciál. Současně provádíme proteomické analýzy, které umožňují detailnější charakterizaci účinků vybraných látek v modelech neurologických onemocnění (například epilepsie, neurodegenerace, neurozánět, demyelinizace).

Experimentální výzkum onemocnění nervového systému
Naše in vivo výzkumná platforma propojuje moderní zobrazovací a elektrofyziologické metody pro studium onemocnění nervového systému a hodnocení účinnosti potenciálních terapeutických přístupů. Využíváme technologie, jako jsou multifotonová mikroskopie, mikro-MRI, CT-PET, EEG nebo laserová dopplerovská velocimetrie, které umožňují detailně sledovat změny mozkové aktivity, morfologie tkání i cévního zásobení v reálném čase. Zaměřujeme se na pochopení mechanismů epilepsie, cévní mozkové příhody, neurodegenerace a dalších patologických stavů centrální nervové soustavy.

Vybrané publikace
Kala D et al.
Beyond Structural MRI: Combined Diffusion Metric Improve Delineation of Epileptogenic Tissue in Focal Cortical Dysplasia.
Scientific Reports 2026
Šanda J et al.
A comparative analysis of imaging-based algorithms for detecting focal cortical dysplasia type II in children.
Scientific Reports 2025
Kala D et al.
Abnormalities of thalamus and thalamocortical pathways in patients with refractory epilepsy caused by focal cortical dysplasia.
Epilepsia Open 2025
Prysiazhniuk Y et al
Diffuse glioma molecular profiling with Arterial Spin Labeling and Dynamic Susceptibility Contrast perfusion MRI: a comparative study
Neuro-Oncology Advances 2024
Kynčl M et al
Strukturální MR zobrazení mozku u pacientů s Alzheimerovou nemocí/hodnocení ARIA – úvodní praktické informace
Česká Radiologie 2024
Danačíková Š et al
In vitro human cell culture models in a bench-to-bedside approach to epilepsy
Epilepsia Open 2024
Kynčl M et al
Doporučení pro strukturální MR zobrazení mozku v diagnostice epilepsií
Cesk Slov Neurol N 2023
Kala D et al
Evaluation of blood-brain barrier integrity by the analysis of dynamic contrast-enhanced MRI – a comparison of quantitative and semi-quantitative methods
Physiological Research 2022
Danek J et al
Sulforaphane ameliorates metabolic changes associated with status epilepticus in immature rats
Frontiers in Cellular Neuroscience 2022
Současné grantové projekty
NU21-08-00228
Detekce změn mikrostruktury a strukturální konektivity fokálních kortikálních dysplázií pomocí diffusion kurtosis imaging
NU21-02-00289
Neuroimaging in prediction of haemorrhagic complications after mechanical recanalization treatment of ischemic stroke.
NU23-08-00460 PediTuMRI –
Advanced Magnetic Resonance Imaging of Paediatric Brain Tumors
Národní program obnovy – Excelles
COGNI (spolupráce v rámci NPO)
CADASIL (klinická studie CERICA)
MedWaveImage (EU-Interreg)
Microwave imaging technology transfer to innovate the medical sector
NW25-08-00371
Pokročilý MRI protokol pro detekci epileptogenní tkáně prostřednictvím analýzy cévní odpovědi během hyperkapnického testu – /MrEpiVaR/
Mezinárodní spolupráce
University of Liverpool
UMC Utrecht
HZDR Dresden
Amsterdam UMC
Fraunofer MEVIS
University of Oslo
GliMR
University of South Carolina
IKEM
Zaměření skupiny – klíčová slova
epilepsie, magnetická rezonance, difúze, perfúze, energetický metabolismus